Последняя четверть XIX в. в Петербургской академии была ознаменована явлением подлинно великого ученого – Василия Васильевича Болотова (1854 – 1900).  В свое время это был, вероятно, лучший в мире знаток церковной истории Христианского Востока, который далеко, на десятилетия, опережает не только русскую, но и европейскую науку. Только в 1950 г. его работы начинают устаревать, но и поныне замены им на русском языке не появилось. Он был одним из первых в мире и первым в России, кто изучал христианский мир как целое, работая с источниками на десятке восточных языков.

Кроме того, он явился основоположником исторического изучения эфиоп-ских догматических споров и одним из основателей русской школы эфиопистики.

Среди учеников, прямых или косвенных, Болотова - несколько ученых мирового значения, которые в то же время явили себя подлинными христианами в годы большевистских гонений. Таковы академик Б. А, Ту-раев, крупнейший специалист по христианскому Египту и Эфиопии, участник Поместного Собора и один из составителей службы всем святым, в земле Российской просиявшим; до своей смерти в 1920 г. он был старостой университетской церкви и любил читать в ней Апостол, и выдающийся канонист В. Н. Бенешевич, знатокгреческих, славянских и грузинских канонических собраний. Свое 25-летие научной деятельности он встретил на скамье подсудимых вместе с митрополитом Вениамином, и, хотя был на том процессе оправдан, но в 1937 г. его расстреляли; значительная часть его библиотеки входит в нынешнее собрание Санкт-Петербургской Духовной академии.

Представляя себе научную эрудицию Болотова, задаешься вопросом: как такое знание Священного Предания Церкви могло в стенах одной академии совмещаться с лишенным всякой святоотеческой почвы богомыс-лием протоиерея Янышева и с таким явным противлением святым отцам - древним и современным - в экуменической деятельности? К сожалению, именно Болотов и его менее одаренные коллеги подвели основание под академическое вольнодумство, так что в XX в. традиционно-православные греческие богословы будут говорить о «про-тестантствующей русской школе», основанной Болотовым. Главным изобретением этойшколы стало понятие «теологу-мена», введенное в болотовских «Тезисах о Филиокве» без каких бы то ни было ссылок на отцов. «Теологумен» - это не достоверное, а гадательное знание о Боге, которое якобы находит свое место в Церкви. Но, по учению Православному, Церковь знает Бога так, как Его знает Сын (Ин. 17, 8), ибо сама она - Тело Сына. Отклонение от истины у хри-стианина может иметь лишь одну причину - личный грех. Допуская «теологумены», Болотов усваивал самой Церкви греховное неведение, возможное лишь для ее чад. Очевидно, и его отношение к латинству вовсе не принимало в расчет тех святых, через которых Церковь определила свое отношение к этой ереси. Но «протестантствующая школа» шла еще дальше, открыто отвергая один из Вселенских Соборов - пятый, видя -(слова Болотова) «случайность» и плод «самолюбия» (святого!) царя Юстиниана в осуждении на нем Феодора Мопсуетского. Фе-одор был проклят за то, что исповедовал во Христе человеческую личность, отличающуюся отличности Бога-Слова; но и почти все профессора думали так же, и клятва отцов Собора их не страшила...

Так разошлись пути науки и богословия. Академиям предстояло взрастить свои самые горькие плоды - нигилистов, Гапона, обновленцев. Проклятие Вселенского Собора тяготело над академической ученостью. Но связь с Церковью у академии остава-лась, и поэтому время преумножения греха отмечено и преизо-билием благодати.

Ректор академии архимандрит Феофан (Быстров) (с 1911 г. епископ Полтавский) сознавал, что живым, а значит истинным училищем Православного Предания были не академии, а монастыри. Во время своих паломничеств по монастырям он духовно окормлялся у старцев; записывал пророчества о судьбах Православия и России, о ее возрождении перед концом света. В богословии владыка Феофан настаивал на исключительном следовании Святым отцам, составил «Добротолюбие» и труд о тетраграмме Имени Бо-жиего. Окончил земной путь в 1943 г. затворником во Франции и является там ныне мест-нопочитаемым подвижником благочестия.

Такие подлинные учители всех христиан, как святые Иоанн Кронштадтский, Игнатий Брянчанинов и владыка Феофан Полтавский не учили раздвоению между жизнью православного человека и образом мыслей западного профессора. У них излагались все догматы, но излагались так, чтобы отвечать на главный вопрос: «Что такое духовная жизнь и как на нее настроиться?».